逃到了库车城的阿布都拉哈汗并不认为自己是安全的，在明军面前已经逃了两次的他，心态已经完全失去了平衡，现在只想跑去一个明军难以追击到的地方好重整旗鼓。
他抵达库车后不久，便一度想要退往库车东北方的别失八里，即天山中段南麓、却勒塔格山北缘的山间盆地、渭干河上游的流域。不过跟着他逃到库车的伯克和军队却不愿意了，库车城濒临平原农业带尚有仓储积蓄可用，别失八里则大多是山区，既无城墙可以防备敌人，也无粮食养活这么多人。
阿布都拉哈汗继续往山里逃亡，无疑就是要伯克和军队丢下自己的家眷。再加上冬季已经到来，天山中的大雪下起来，那可是杀人于无形的存在。
在这些伯克和士兵们的鼓噪下，就连阿布都拉哈汗的亲信也不敢劝说他继续逃亡了。眼看有爆发兵变的危险，阿布都拉哈汗不得不亲自出面召见伯克们，宣称他并没有意思继续逃亡，而是打算在这里和明蒙联军决一死战。
为了表明他的决心，阿布都拉哈汗随即下令征集库车周边的人丁前来库车，扩充军队准备备战，这才算是将军中将士的不稳定情绪给压制了下去。
11月23日，阿布都拉哈汗收到了铁门关失守，明蒙联军约15000人通过了铁门关向着库车浩浩荡荡而来的消息。到了这个时候，他不得不向弟弟伊卜喇伊木王子妥协，不再试图夺取阿克苏军队的指挥权，而是要求他带着军队前来保卫自己。
12月5日，伊卜喇伊木王子带领一万二千大军抵达库车西郊，这总算让库车的军民们安心了不少。不过伊卜喇伊木王子进城拜见了兄长后，却提出要在野外歼灭敌人的计划。
伊卜喇伊木王子当着兄长及众多伯克面说道：“…我军北上者一万二千，吉尔吉斯人前来援助汗者三千余人，库车加上各城而来的援军也有近2万之众。
我军现在有3、4万人，而明蒙联军不及我军一半，他们又不熟悉地理，所以行军缓慢。等他们到了库车的地面，正是隆冬时节，大军长途跋涉又遇到气候寒冷之季节，战斗力还能剩下几成？
我军若是出城迎战，正是符合了以逸待劳，以众击寡的优势。反之，若是纵容明蒙联军在城外越冬，等到明年开春之后，天知道还会不会有明军的援军和他们汇合？
此外，库车不是阿克苏和库尔勒，此地有这么多积蓄供应我们这么多军队和居民度过这个冬季吗…”
伊卜喇伊木王子提出的主张，顿时让参加会议的伯克们小声的讨论了起来，阿布都拉哈汗也是有些迟疑不决。
就在这个时候，被他招募而来的吉尔吉斯人的首领克力奇·夏米尔罕诺夫站了出来，向着行礼后说道：“汗王，我觉得伊卜喇伊木王子说的对，打仗凭借的就是将士们的勇气。
现在我军人数是敌军的一倍，他们又是远道而来的疲惫之师，如果这样我们还要守在城内等他们来攻，将士们的勇气必然会大受损害，到时便是有城墙遮挡敌人的弓箭，但是没有了勇士把守的城墙又怎么抵挡的住敌人的进攻呢？
如果汗王坚持要守城的话，那么我们吉尔吉斯人倒是愿意跟随伊卜喇伊木王子前去进攻明蒙联军，去冒一冒这个风险…”
吉尔吉斯人的话语，顿时激起了一部分伯克们的不忿。作为东察合台汗国的继承者，叶尔羌汗国的伯克们可一直都是看不起曾经的察合台汗国的奴隶吉尔吉斯人的。
直到今天，吉尔吉斯人也没能建立起一个属于自己的国家，还只是一群在山间放牧的游牧部族联盟，不仅被周边的布哈拉汗国、哈萨克汗国、卫拉特、叶尔羌汗国欺压着，就是他们自己内部还存在诸多的矛盾，什么平原部族和山区部族之分，什么外姓部族和内姓部族之分，什么三十姓部族和九姓部族之分。
在叶尔羌人眼中，就是卫拉特人都是蛮夷，更不必提这些连蛮夷都算不上的杂胡了。因此克力奇·夏米尔罕诺夫言辞中流露出来的轻视态度，顿时让这些伯克们恼羞成怒了起来。
他们或是训斥克力奇·夏米尔罕诺夫无礼，在叶尔羌的宫廷内胡乱发言，或是向着阿布都拉哈汗请愿，请求汗王带领他们出城迎战。
阿布都拉哈汗虽然对弟弟当众挑战自己权威的举动极为恼火，但是在这群情汹涌的状况下，他也不敢一口回绝，只能说先派人打听清楚明蒙联军的动向再做决定。
探子很快就送回了消息，明蒙联军停驻在了库车200里外的轮台地区，联军在那里大举砍伐胡杨搭建营垒，显然有在当地越冬的意思。
这个消息顿时让库车城内的伯克们大为惊慌了起来，显然伊卜喇伊木王子的判断是对的。明蒙联军不急于进攻库车，也就意味着他们在开春时将会迎来一只养精蓄锐的敌军。
阿布都拉哈汗不得不认同了出城迎战的计划，这个时候他自然是不敢再将军权全部交给自己的兄弟了，于是他决定亲自挂帅出征。
为了确保万无一失，阿布都拉哈汗将库车城内外的兵力全部都带上了，虽然不及当初出征喀什噶尔的五万大军之多，但也达到了三万八千余人。
12月25日，阿布都拉哈汗军抵达轮台，明蒙联军也迅速集结了起来，双方最终在轮台城外西北方20里处的丘陵夹杂平原的地带列阵对峙。
阿布都拉哈汗军位于西北方的高地，明蒙联军则位于东南方的平原。从地理上看，联军还是吃了不少亏的。不过西北方有着更多的丘陵，因此阿布都拉哈汗军只能排列成密集的阵线，而东南方广阔的平原倒是让以骑兵为主的联军散开了队形，算是让联军扳回了一点地利。
阿布都拉哈汗自己带着2万大军居于中间，他的左翼是伊卜喇伊木王子率领的1万2千阿克苏军，他的右翼是吉尔吉斯人和布古赤伯克率领的叶尔羌骑兵，共计六千人。