徐光启一脸凝重的从燕京大学离开后，便回到了自己在北京的寓所。陈子龙等几名弟子顿时上前问候老师，顺便想要从老师口中探听到，皇帝对于孔府一事的真实看法。
不过徐光启并没有理会这些弟子的问题，他令陈子龙等人将过去三年来朝廷刊发的改革政策，小学、大学课本及大明时报，都搬到了自己的书房里，然后独自一人在书房内翻看了半日，直到深夜才从书房内走了出来。
徐光启当晚辗转反侧，几乎都没有睡去过。作为新学的领袖，徐光启和崇祯各自对于新学的理解显然是有区别的。虽然他一直提倡士大夫们要放开怀抱，吸收西方的学问知识，借西学来促使儒学的自我革新，但他还真没有彻底打倒儒学的念头。
作为士大夫中对于自然科学研究的少数先行者，他一直都是把西学当做实用技术来研究的，他认为这些实用技术能够改善大明百姓的生活，并改变大明读书人崇尚经义而偏废实学的风气。
一心扑在西学书籍翻译和各种自然科学研究上的徐光启，自然以为皇帝的想法和自己并没有什么区别，虽说崇祯登基后行事常有出人意料之举，但是徐光启还是不认为，年少的崇祯在学术上有什么个人见解，直到今日同皇帝的这番对话。
返回家中的徐光启在翻看了过去三年内的资料后，终于相信了崇祯今日同他说的话不是一时冲动，而是从建立燕京大学推崇新学开始，就有了这个倾向。否则崇祯令钱谦益编辑的中国简明历史，就不会从一开始便将劳动者推动历史进程的观点摆明了出来。
徐光启并不反感“不劳动者不得食”这个观点，但他并不认可打倒旧学的想法。在他看来，新学应当是对旧学的改良和继承，而不应该是彻底的颠覆。但是到了今时今日，新学已经不再是他和几名好友之间的一点小爱好，而是依托于燕京大学、大明时报及各地新式小学之上存在的一个新的学派了。
在这样一个新的思想学派中，崇祯提出的打倒旧学的想法，并不缺乏支持者。因为新学的推广，已经造就了一个有别于旧式读书人的新知识分子的精英团体。这个团体的人数虽然还不多，但是因为位于京城，又掌握了大明时报这样的舆论机构，和新式小学、大学这样培养后备人才的组织体系，因此新学对于朝廷的影响力是一日大过一日。
当推崇新学的新知识分子人数上升到一定程度，必然是不甘心于他们现在只有对皇帝有影响力，却无法进入官僚体系发挥才能的尴尬局面的。打倒旧学，令新学成为官学，自然会得到新知识分子的支持。
当初万历间鼓吹改良儒学的泰州学派，虽然名声极大，但是因为只有民间的影响力，导致最后遭到了各地理学家们的联合打压，最终整个学派支零破碎，彻底沉寂了下去。而这些泰州学派的后人，被皇帝招募到燕京大学之后，现在也是新学的一份子，他们也是最为激进的批判儒学的代表。
徐光启虽然不忍攻击旧学，但并不代表他愿意自己的门生、亲友遭遇和泰州学派一样的下场。而且他也不愿意同新学中那些激进分子决裂，导致新学内部出现矛盾，从而造成更为复杂的党争局面。
思考了整晚之后，眼中尽是血丝的徐光启在第二天一大早召集了自己的弟子，公开向他们告诫，不许任何人对衍圣公和孔府之事发表看法，如有违背者就要被逐出门户。
老师的表态，让陈子龙等人有些难以接受。但他们同样无法违背徐光启的命令，毕竟现在的大明讲究的，是“一日为师，终身为父”的风气，背叛师门的弟子就等于是断绝了自己的政治前途，就连师门的敌人也无法接受这样的人的。
徐光启这些新学中温和派的沉默，使得京城内的舆论更趋向于统一，一切敢为衍圣公和孔府那些陈年旧案说情的人，都被描述成了道貌岸然的伪君子，是和禽兽为伍的衣冠禽兽。
于是京城舆论又开始有了一些新的变化，那就是有人试图把孔子和孔府区分开来，以确保至圣先师的名誉不受玷污，但这也使得衍圣公和孔府名誉更是低落。
更有人扒出了宋元更替时，衍圣公和孔府在1252年派张德辉、元好问向忽必烈上“儒家大宗师”的尊号，而其时南宋尚存。汉家王朝正溯犹存，而孔家已经屈膝投敌，倘若大明被外敌入侵，孔府是不是又会再次献媚于蛮夷，以压制中国之正统呢？
因此其人公然声称，卖国求荣的衍圣公和孔府不配执掌中国之文脉，也无权代表孔子向蛮夷屈膝。孔子昔日尚且称赞管仲，“微管仲，吾其被发左衽矣。岂若匹夫匹妇之为谅也，自经于沟渎而莫之知也。”
而今日之衍圣公和理学家们，拘泥于妇人守贞之小节，却完全忘记了华夷之防之大节。这才有辽东士人投靠后金屠戮中国之百姓，还有人替这些士人喊冤抱屈之举。
最终此人在文章结尾中说道：“…尊孔者非尊孔子也，乃借尊孔而非异己也；尊经者非尊学识也，乃借尊经而禁锢人心也。”