工藤新一的邻居阿笠博士，一个独居的天才发明家，在柯南的眼里是一个很能整活的人，比如和他的爸爸妈妈一起装成黑衣组织成员绑架他，然后被警察叔叔以绑架儿童、扰乱社会治安、占用警力资源等罪名被拘留。
但柯南是真的想象不到，等到盂兰盆节假期结束后，开学的第一天阿笠博士就给他又整了个大活。
也就是班上新的转学生，现在坐在他的面前，将将自己的身世娓娓道来的小女孩。她现在的名字叫做灰原哀，过去的代号是雪莉。
“……，无处可去的我，只能仰赖工藤新一你一个人了。”小女孩坐在沙发上，淡然的说道：“我想同为组织叛徒的你，一定会理解我的。”
“开什么玩笑！”柯南愤怒的爆发了：“我怎么可能会理解你这个制造杀人毒药的……等下，你刚才说‘组织叛徒’？”
“啊啦？”灰原哀还有些奇怪柯南的反应：“拒绝继续研究、吃下这个药物逃出组织的我，已经毫无疑问是叛徒了吧？”
“这我当然知道，但‘同为组织叛徒’是什么意思？”
“你该不会以外这是能瞒过去的事情吧？”灰原哀的表情有些嘲笑：“组织交给我的名单可是清楚的写了：工藤新一，状态不明，需要确认其是否死亡，备注——原为组织成员，因背叛被处决，也许与fbi或其他情报机构有联系。”
“纳……纳尼？”
柯南一脸懵逼。
“新一！”柯南身后的阿笠博士也叉着腰，低头气呼呼的看着他：“小哀告诉我这件事的时候我也很惊讶，你居然连我都一起瞒着！”
“你现在给我说清楚，你到底是什么时候卧底到那个组织的？优作他知道这件事吗？”
毕竟是自己看着长大的孩子，阿笠博士相信以工藤新一的品格当然不可能是‘真酒’，他的判断是工藤新一为了某个原因作为卧底加入了黑衣组织。
“不是，等等……”柯南都不知道他应该从哪一条开始否认了，语无伦次挥舞了半天手，才整理出头绪来：“我根本就没加入过那个黑衣组织啊！那天在热带公园是我第一次遇到那两人！”
“我都说的这么清楚了，还不肯承认吗？”灰原哀有些疑惑的歪了歪头：“明明对工藤新一的身份并不否认，那就并非是对我的身份感到怀疑了。”
她看向柯南身后的阿笠博士：“你百般否认的原因，难道是你对博士不能信任吗？”
“柯南——！”阿笠博士叉着腰，低头看着柯南：“我要生气了哦！”
说着，阿笠博士像河豚一样鼓起了腮帮子。
“我当然很信任你了博士！我变小的事情可是第一时间就告诉你了！”柯南转身安抚已经气嘟嘟的阿笠博士：“但我的真的没有加入那个组织啊，我怎么可能会加入犯罪组织呢！”
“喂喂，你这该不会是挑拨我和博士之间关系的离间计吧？”柯南回过头又看向灰原哀：“还是说组织是不是弄错了什么，所谓的组织叛徒应该是名单上面或下面的那个人，写名单的人弄错了行吧？”
“你还真是嘴硬啊，大侦探。”灰原哀叹了口气，感到无趣的摆摆手：“算了，你说是就是吧，就当做是琴酒搞错了吧。”
“喂喂，你这根本就是不信啊……”
算了，柯南不想和这个组织里逃出来的药物研发者浪费口水了，他转身看向阿笠博士，博士的看法才是最重要的。
博士与灰原哀如出一辙的摆摆手：“你说是就是吧，就当是那个组织搞错了吧。”
“你们信我啊！”
柯南绝望的栽倒在沙发上，思考该如何证明自己不是卧底更不是叛徒……不对，是证明自己根本不是黑衣组织的成员。
这时，他身上的手机响了。
应该是小兰催他回家吃饭吧，这样想着，柯南看也没看就接通了电话。